这两块代码含量都比较少，大部分通过在线分析就可以出结果 7 PPI分析构建差异表达基因编码的蛋白质之间的相互作用网络，识别关键调控蛋白质或蛋白质复合物。 输出的是PPI网络图及其分析结果，发现核心蛋白质。 在线分析网站：356 items (Maca...

5. 富集分析通过前文我们可以提取出差异基因，然而差异基因的数量较多，对其进行分析会十分冗长，因此我们可以采取富集分析的方式进行归类。富集的意思是表示差异基因或者差异物质中注释到某个代谢通路的基因或者物质数目在所有差异基因或者物质中的比例显著大于背景...

上游分析1. 安装linux这就不多说了，自己搞一个虚拟机，我用的是Centos7。 ps：如果使用的是学校集群的话，注意在修改密码中改一下自己的密码，开启后账号为：root，密码自定义（注意是暗文，你敲进去是不会显示的）结束了enter即可 2. ...

拟时序分析在进行了聚类之后，其实各细胞是否具有同种生存状态是未知的。拟时序分析的目的就在于将细胞分为不同的分支，将各点（细胞）体现在不同的时间坐标中，从而了解各细胞的状态定位 在做拟时序分析的时候，采取的是机器学习方法（无监督和有监督），因此需要一定...

单细胞测序分析3. 差异基因(DEG)在单细胞RNA测序分析中，聚类之后筛选差异基因的主要目的是为了深入理解不同细胞群体之间的生物学差异。首先先看我们筛选出来的数据并对其进行解释 **p_val：**基因表达量差异P值（一般不看这个） **p_va...

单细胞测序分析1. 测出数据部分在通过前文的处理之后，我们得到了两个输出文件，分别为raw_feature_bc_matrix和filter_feature_bc_matrix。前者为原始数据，后者为cellranger经过自己处理后的数据，后续的分...